锡林郭勒盟疾病预防控制中心是根据国家卫生防病机构改革精神，在锡林郭勒盟卫生防疫站，于2004年4月正式改建成立的集疾病预防控制、监测检验与评价、健康教育与促进、应用研究与指导、技术管理与服务职能为一体的盟（市）级卫生事业单位。
锡林郭勒盟疾控中心的成立是该盟卫生体制改革的重大成果，标志着该盟疾病预防控制工作进入了崭新的时代，“中心”将认真贯彻“预防为主”的方针，增强服务意识和质量意识，为全盟人民健康服务，为锡盟经济发展服务.
中心新址位于锡林浩特市桥西火车东侧，占地面积14989.7平方米， 建筑面积7112.72平方米，2006年12月竣工启用。
中心内设行政办公室、健康教育所、结核病防治所、质量管理科、免疫规划科、公共卫生科、流行科病科、性病艾滋病防治科、职业健康监护科、微生物检验室、理化检验室、预防医学门诊12科（所、室）。
现有在岗工作人员94人，其中高、中级专业技术人员占业务人数总数的51%以上。
现有原子吸收分光光谱仪、气相色谱仪等万元以上仪器设备20台（件）。